Joaquín Rafael Phoenix nació en San Juan, Puerto Rico el 28 de octubre de 1974 era anteriormente conocido con el nombre Leaf Phoenix. A lo largo de su carrera de actor ha obtenido dos nominaciones del Oscar, y ganado un Globo de Oro y Grammy. Nació en una familia de artistas conocida mayormente por su hermano, River Phoenix, quien murió trágicamente. Phoenix a menudo interpreta personajes conflictivos o inseguros que suelen tener un lado oscuro.

Joaquín Rafael Phoenix es hijo de los misioneros de la "Iglesia de Dios" John Lee Bottom y Arlyn Sharon Dunitz, hoy conocida por Heart Phoenix. Su hermano era el también famoso actor River Phoenix, ya fallecido. Además de River, Joaquín tiene tres hermanas más, llamadas Liberty Butterfly (Mariposa de Libertad), Summer Joy (Alegría de Verano) y Rainbow Joan of Arc (Arcoíris Juana de Arco), todas ellas dedicadas a la interpretación, al igual que Joaquín, quien comenzó su carrera con el nombre de Leaf (Hoja) Phoenix.

Inició su trayectoria profesional apareciendo en anuncios publicitarios y en series de televisión. Debutó en el cine en 1986 bajo la dirección de Harry Winer, en S.O.S. Equipo Azul, con Kelly Preston, Kate Capshaw y Lea Thompson. Entre 1995 y 1998, fue novio de Liv Tyler, con quien hizo una película; El secreto de los Abbott. El año 2000 marcaría un antes y un después en su carrera. Ese año interpretó al emperador romano Cómodo, en la película Gladiator, papel que le supuso una nominación al Oscar y a los Globos de Oro como mejor actor de reparto. Después vendrían diversas colaboraciones con el director de El Sexto Sentido, M. Night Shyamalan. Joaquín participó en Señales junto a Mel Gibson y en El Bosque (también llamada La Aldea), donde interpretó al gentil Lucius Hunt. En 2005 realizó la película Walk the Line (En la cuerda floja en español), en la cual interpreta el papel del músico Johnny Cash y por la cual ganó un Globo de Oro como "Mejor Actor de Comedia o Musical" y también logrando una nominación para el Oscar.

Es vegano, por tanto está en contra de la utilización de animales para vestir, comer, divertirse, etc.